Η Μονή Καλυβιανής αποτελεί ένα ξεχωριστό παράδειγμα μοναστηριού που ταύτισε την πίστη και τη λατρεία με την κοινωνική προσφορά και το φιλανθρωπικό έργο. Βρίσκεται στην περιοχή Καλύβια Μεσαράς, κοντά στις Μοίρες, και είναι ένα από τα πιο σημαντικά προσκυνήματα της Κρήτης.
Από τις ελάχιστες σωζόμενες πληροφορίες-ενδείξεις εικάζεται ότι στην τοποθεσία αυτή υπήρχε μοναστήρι αφιερωμένο στην Παναγία, που καταστράφηκε όταν έγινε η επιδρομή των Οθωμανών εναντίον της Κρήτης στα μέσα του 17ου αι. Το άγνωστο μοναστήρι λειτουργούσε ήδη στα χρόνια των Ενετών και πιθανότατα η περίοδος της ίδρυσής του ανάγεται στην εποχή του Βυζαντίου. Μετά την κατάκτηση της Κρήτης (1669) οι Οθωμανοί καταπάτησαν τη γύρω περιοχή, όχι όμως και το ναό που λειτουργούσε σποραδικά μέχρι το 1821 και κατά καιρούς τα παλιά κελλιά στέγαζαν μεμονωμένους ασκητές.
Μεταξύ των ετών 1821-1865 ο ναός εγκαταλείφθηκε από τους χριστιανούς και χρησιμοποιήθηκε από τους Οθωμανούς κατοίκους του γειτονικού χωριού Καλύβια σαν στάβλος ή αποθήκη. Το 1865, ένα χρόνο πριν τη μεγάλη Κρητική επανάσταση, ο Ιωάννης Μαργιολάκης από το χωριό Άγιος Ιωάννης άρχισε να επισκευάζει το ναό, και κυρίως το Άγιο Βήμα.
Οι Οθωμανοί δεν τον εμπόδισαν. Όμως ο θρησκευτικός φανατισμός των Μουσουλμάνων της Κρήτης ώθησε δύο παιδιά να βεβηλώσουν το μικρό αυτό ναό. Το ένα παιδί πέθανε και το άλλο αρρώστησε. Το γεγονός συζητήθηκε έντονα σε όλο τον κάμπο της Μεσαράς και από τότε άρχισε η Καλυβιανή να αποκτά φήμη και να καταφτάνουν προσκυνητές.
Οι Οθωμανοί οργισμένοι προσπαθούσαν να επιβάλουν απαγορεύσεις και να εμποδίσουν τους προσκυνητές να προσέρχονται στο ναό. Το θέμα πήρε τόσο μεγάλες διαστάσεις ώστε το 1873 ήταν το κύριο θέμα της Κρήτης.
Η υπόθεση αυτή οδήγησε στην επέμβαση του Οικουμενικού Πατριάρχη Ιωακείμ Γ΄ και του σουλτάνου, που μετέθεσαν αντίστοιχα τον μητροπολίτη Μελέτιο και τον Διοικητή του Ηρακλείου Μουσταφά Πασά. Τον ίδιο χρόνο οι Δημογέροντες του Ηρακλείου έστειλαν μία εκτενή έκθεση των γεγονότων στους εκπροσώπους των χριστιανικών κρατών, προκειμένου να πιέσουν την οθωμανική πλευρά, ώστε να πάψει να εμποδίζει τους χριστιανούς στην εκτέλεση των θρησκευτικών καθηκόντων τους.
Παρά τις όποιες δυσκολίες η προσέλευση των πιστών συνέχισε να αυξάνει. Σημαντικό ρόλο σ' αυτό διαδραμάτισε ο Ματθαίος Μιχελινάκης που, σύμφωνα με την παράδοση, βρήκε (1873) την εικόνα της Παναγίας κάτω από ένα δέντρο. Η είδηση αυτή προκάλεσε μεγάλη συγκίνηση. Η εικόνα θεωρήθηκε θαυματουργή και πλήθος πιστών άρχισαν να συρρέουν από κάθε γωνιά της Κρήτης.
Πολλοί πιστοί αφιέρωναν μέρος της κινητής και ακίνητης περιουσίας τους στη μονή, με αποτέλεσμα να ολοκληρωθεί η πλήρης επισκευή του ναού που είχε ξεκινήσει το 1865 και να χτιστούν νέα βοηθητικά οικήματα στις εκτάσεις γύρω από το ναό που εξαγοράστηκαν από τους Οθωμανούς.
Η φήμη της μονής ξεπέρασε σύντομα τα σύνορα της Κρήτης, γεγονός που καταγράφει και ο λογοτέχνης Ιωάννης Κονδυλάκης από τη Βιάννο στα τέλη του 19ου αι.
